Em meio a um cenário de caos ecológico e sismológico global, por volta de meados de 2100, os Estados Unidos foi dividido em dois pela "Grande Enchente". Como resultado do derretimento da calota polar, o Rio Mississipi destruiu a porção central dos Estados Unidos, levando o mal-equipado Governo Federal ao fracasso e o país a ser literalmente cortado em dois. Agora, cada uma das metades deve lidar com as conseqüências à sua maneira.

O leste, agora conhecido como Atlantic Alliance, símbolo da união com a Europa, decidiu investir na tecnologia cibernética para sobreviver. O oeste, por sua vez, chamado de Republic of Pacifica, aliado à Ásia, resolveu seus problemas com genética, reestruturando o DNA de seus habitantes - método que a Atlantic Alliance acha moralmente repreensível.

Por volta de 2161, uma operação militar não-autorizada com objetivo de atingir o centro de Pacifica, na agora seca baía de São Francisco, faz eclodir um confronto de proporções épicas em solo norte-americano. Mason Briggs, um dos soldados da Atlantic, usa armamento explosivo, capaz de modificar o solo, não apenas para destruir a terra, mas para usá-la em favor próprio. Ou seja, o campo de batalha nunca termina da maneira que você encontrou no começo.

Cada uma das facções tem soldados com poderes específicos, basicamente divididos entre tecnologia cibernética e manipulação genética, para Atlantic Alliance e Republic of Pacifica, respectivamente.

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